Il Gargano, l'unica montagna interamente pugliese, era in origine un'isola, poi unita alla terraferma da un progressivo accumulo di depositi alluvionali, soprattutto del torrente Candelaro; la fascia settentrionale litoranea, bassa e sabbiosa, accoglie il lago costiero di Varano con il contiguo lago di Lesina. Il massiccio, costituito essenzialmente da rocce calcaree, che culminano nei 1056 m del Monte Calvo (significativo è il nome di questo monte, dalle nude e sassose pendici), ha una vistosa morfologia carsica, i cui aspetti più interessanti sono le numerose grotte, abitate sin dalla preistoria. In alcune di esse, così come in ripari sotto roccia, sono stati rinvenuti manufatti risalenti al Paleolitico; vi sono poi delle tombe dell'età del Ferro. Gli altri monti sono: Lo "Spigno", "Giovannicchio", e "Monte Nero". Le grotte più famose sono quelle di Paglicci e Montenero. Ma il Gargano è famoso anche per i trabucchi, costruzioni da pesca, create interamente con legno e azionati da complessi sistemi di argani. Per quanto riguarda la conformazione geologica sotterranea, il sito più importante è la Grava di Campolato, dove si raccolgono le acque sotterranee delle montagne e delle colline circostanti. Si presuppone quindi che ci sia una fitta rete di grotte attraversate da piccoli fiumi sotterranei.
L'area più interna della regione, ricoperta da fitte foreste tra cui la foresta Umbra, è poco popolata; gli abitanti tendono a raccogliersi nei centri costieri o ai piedi dei monti, anche per via dello sviluppo acquisito in epoca recente dal turismo balneare, che si è aggiunto alla tradizionale attività peschereccia e soprattutto agricola. Una strada panoramica si sviluppa lungo quasi tutto il perimetro del Gargano, toccando molti dei centri principali, come San Nicandro Garganico, Carpino, Rodi Garganico, Peschici, Vieste, Mattinata e Manfredonia. Tra le località del retroterra si ricordano Monte Sant'Angelo, San Giovanni Rotondo e San Marco in Lamis: tutti centri con santuari molto frequentati che attestano come il Gargano sia sempre stato, sin dall'epoca medievale, luogo di grande fervore religioso, anche per via di Padre Pio.
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